I kjølvannet av den tyske tilbaketrekningen i 1944 ble store deler av den materielle kulturarven i regionen utslettet. Kåfjord kommune og Manndalen var henholdsvis sørligste kommune og bygd som ble brent av den tyske okkupasjonsmakta, da den brente jords-taktikk ble tatt i bruk for å forhindre den sovjetiske Røde armé i å dra nytte av ressursene som til da hadde vært der. Dette innebærer at Nord-Troms museum har både regionale og nasjonale forpliktelser å ivareta i sitt arbeid. 

Nord-Troms museum har nytt godt av at regionens innbyggere støtter opp om museets arbeid. Grunnet dette har museet samlet inn en stor gjenstands- og fotosamling som dokumenterer tiden før og etter andre verdenskrig. Fotosamlingen er på mer enn 40 000 bilder. Museet har spilt en sentral rolle i bevaring av eldre bygninger i regionen og har i dag ansvar for 65 bygninger, blant annet Holmenes sjøsamiske gård i Kåfjord. 

Nord-Troms museums faglige fokus er: Forvaltning, Forskning, Formidling og Fornying. Museet ønsker å være en aktuell samfunnsaktør, jf. St.Meld.nr. 49 "Framtidas museum".